前作（サカつくDS タッチ and ダイレクト）ではカップ戦用とリーグ戦用の2パターンの固定デッキのみしか持てませんでしたが今作では最大20個までの編成パターンを保持することができます。
デッキには自由に名前をつけることも可能。
前作ではレア選手は何人でも登録できましたが、今作ではレア選手の登録枠は限定されます。
特定地域の選手を一定数以上ベンチ内に入れることで、チームコストやレア枠をアップすることができます。
まだ育っていない選手やコストの低い選手でも、地域ボーナスを得るためにベンチに登録することが有効な場合もあります。
なお、地域ボーナスの効果は、リーグによっても異なります。イングランドリーグでアフリカ選手を複数登録した場合と、スペインでアフリカ選手を複数登録した場合とでは効果が異なります。結果、リーグごとに有用な地域選手は異なります。
監督要素が追加され、どの監督を使用するかで編成も変わります。監督はサカつくDSワールドチャレンジ2010で追加となった新規要素です。
監督はアビリティ（特殊能力）を最大3つ持っています。
これによって試合や育成などが有利になり、ゲーム攻略においても重要な存在となります。
監督は特定条件をクリアすることで、イベントで入手することができます。
例）特定大会をクリアすることで、特定監督入手イベントが発生し、監督を獲得できます。
戦術：試合内に影響する。チームスキルの効果をアップしたりするものが多い。
育成：育成に影響する。選手を育成させる上で有利になるものが多い。
特殊：それ以外のもの。経営を有利にさせるものが多い。
